Electronで作成したアプリケーションはメインプロセスとレンダラープロセスから構成されています。この二つ部分のデバッグ方法が違います。
Electronのレンダラープロセスがブラウザ(Chrome)のような動きで、ブラウザの開発ツールでHTML、css、javascriptを参照しながら、jsファイルのデバッグを行います。
Electronのメインプロセスがサーバーサイトのようなプログラム(node.js)なので、ネーティブアプリ開発のデバックツールが必要となり、その開発ツールの上でデバッグを行います。